En el Acervo de la Casa del Archivo se encuentra la más variada información. Según una vieja clasificación cronológica, el archivo se divide en cinco secciones diferentes:
- Sección A: documentos del siglo XVI.
- Sección B: documentos del siglo XVII.
- Sección C: documentos del siglo XVIII.
- Sección D: documentos del siglo XIX.
- Sección E: documentos del siglo XX.
- Sección F: volúmenes encuadernados actas de Cabildo, asuntos y acuerdos, comunicaciones al Prefecto Político, comunicaciones a varios, decretos de gobierno, registros varios y de fierros, protocolos, exhortos, órdenes generales de policía y de aprehensión, entradas y salidas de presos, presos gubernativos, presos judiciales, ejecutorías, minutas y el periódico oficial El Estado de Colima.
- Sección H: corresponde a los alineamientos.
- Sección I: documentos deteriorados de los siglos XVII y XVIII.
- Sección J: permisos de construcción .
- Sección AX: Anexos
A la fecha hay un 80 por cientos de avance en bases de datos del siglo XVI; del siglo XVII, se tiene un 10 por ciento; del siglo XVIII, se ha inventariado el total de la documentación; del siglo XIX, existe el 25 por ciento de inventarios; y del siglo XX, se ha inventariado el 10 por ciento de los documentos.
El Archivo de la imagen y la palabra resguarda alrededor de 1,500 fotografías de la ciudad de Colima y de la región. El Archivo también se ha procurado por conservar evidencias del actual Colima. Por ello ha producido dos videos: la historia de un barrio de la ciudad de Colima puede apreciarse en La Sangre de Cristo; en Raíces vivas de Colima, se rescata el cotidiano transcurrir del centro de la ciudad, con sus silenciosos protagonistas: los portales, la catedral, el palacio de gobierno y el Teatro Hidalgo.
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Acervo Documental 
